甲状腺是内分泌主要腺体之一，甲状腺内分泌科以甲状腺疾病诊治为主，主要包括甲状腺肿、亚急性甲状腺炎、桥本甲状腺炎及其余自身免疫性甲状腺疾病等各种急慢性甲状腺炎症。
目前最常见的是甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退症；甲状腺癌术后，TSH抑制治疗需要甲状腺内分泌系统调整；部分无产科内分泌的医院，甲状腺内分泌科还兼诊治妊娠期甲状腺疾病。
大量的研究显示，孕期的甲减会导致孕妇出现不良后果，例如：对胎儿的神经、智能的发育有不利的作用，导致的不良后果有：早产，体重过轻，流产，以及怀孕期间出现甲减的几率会提高60%。在临床上，甲减是导致孕妇出现死婴的主要原因，而导致甲减的主要原因就是本身的甲亢。如果孕妇发现甲状腺激素偏低，应马上到医院就诊，再次复查甲状腺激素及甲状腺抗过氧化物酶抗体，然后就进行必要的治疗。
甲状腺轻度肿大，如无甲状腺功能不正常伴，和甲状腺内占位结节，那就不算严重了。
甲状腺稍大，是由多种因素引起的，较多见是甲状腺肿，包括单纯性甲状腺肿等、地方性甲状腺肿等、结节性甲状腺肿等。这些都是由多种因素引起的一种病理改变，主要是因为患者体内存在一些激素或者其物质导致了甲状腺体积的增长。此外，甲状腺炎症，如慢性桥本甲状腺炎等，并发甲状腺增大，临床中较为常见。此外一些其因素导致甲状腺机能亢进，如自身免疫性甲状炎等。也有部分甲状腺疾病，如甲状腺功能亢进症，亦有甲状腺弥漫性肿大。甲状腺结节是一种非常普遍的现象，尤其多见于儿童和青少年时期，主要是因为体内合成了一些化学物质，这些物质通过血液进入到身体当中而导致肿大。如甲状腺肿大，伴有甲状腺功能异常，应进行药物治疗，例如合并甲减，则应口服甲状腺激素治疗。
典型亚急性甲状腺炎病人可有甲亢期，甲减期和甲状腺功能正常期等。
当这种情况发生后，患者可能会因为病情较重或者是其他原因而导致无法及时接受手术，所以需要对亚急性甲状腺炎进行定期检测和诊断。经过若干时间的流逝，甲状腺功能渐趋正常后，亚急性甲状腺炎便渐有自愈倾向，但到了甲亢期，病人就出现了和甲亢差不多一样的表现，比如还表现为心慌、手抖、失眠、多梦、易怒、多食。
如果出现了甲状腺的问题，可能会对胎儿造成一定的伤害。
妊娠期间患有甲亢、甲状腺功能低下等疾病。甲状腺功能低下会导致孕妇发生妊娠期的流产，早产，胎儿宫内生长缓慢，胎死腹中。因此，在临床上，如果是甲亢患者，在没有完全控制之前，是不推荐孕妇怀孕的。妊娠后要注意观察甲状腺的机能，及时的进行药物调节，从而获得最佳的妊娠效果。如果是正常妊娠，那么甲状腺机能会略微升高，但是如果妈妈的甲状腺机能下降，就会导致孩子的智商下降，或者是严重的智商下降。
