在临床上结肠炎的治疗周期并不固定，有的结肠炎治疗一两周时间就能够临床治愈，有的结肠炎可能需要几个月，甚至几年时间才能够临床治愈。
如果属于慢性结肠炎的情况下，这种情况下是无法完全治愈的，只能用药控制症状，以及患者平时饮食上注意避免辛辣，多吃流质温凉的食物。注意腹部的保暖，可以尽量避免慢性结肠炎再次发作的情况。
宝宝肠炎康复时亦可服用DHA。
DHA又叫脑黄金，在神经系统中，DHA为维持细胞生长的主要物质，它还是大脑及视网膜的主要组成部分，人的大脑皮层dha的含量高达20%，它是眼睛视网膜中最重要的一部分，大约50%左右，对于宝宝的智力及视力发育都是非常关键。肠炎恢复之后，可以适当的给宝宝补充dha。平时要保证宝宝的健康饮食。
一般情况下，婴儿的肠道炎症需要多长时间才能痊愈，需要根据实际情况来判断。
急性肠炎服用药物3日后，症状会逐渐消退，再经过一段时间的调养，就会痊愈。如是病毒性的肠道感染，比如由轮状病毒引发的肠道炎症，这个过程会比较漫长，通常要在医院里治疗1周左右，也需要看孩子的身体状况。若有良好的身体素质和良好的抵抗力，1周之内就可以康复。若身体较差，大约需要10天。
小儿肠炎有细菌性肠炎与病毒性肠炎之分，无论是细菌性肠炎还是病毒性肠炎只要对症处理并注意进食，病程通常在1周左右。
如果孩子有腹泻症状时，要及时带小孩到医院就诊。小儿肠胃炎、结肠炎均属中医“泄泻”范畴。由于长期慢性炎症刺激使机体免疫功能下降，细菌侵入而引起急性发作。
注意给予婴儿清淡、易消化的饮食，可进食小米粥、烂面条、少食多餐、多饮温开水，可采用调整肠道功能的药，比如双歧杆菌三联活菌散、蒙脱石散、健儿醒脾颗粒之类的药物。
大部分需要住院的小儿肠炎患者都是4-7天左右，症状就能基本缓解。
孩子需要住院多久取决于孩子的具体情况，部分孩子患上小儿肠炎，症状不明显，只是轻微的腹泻，过一段时间就会自行痊愈，不需要住院治疗。腹泻症状比较严重，可能会导致患儿出现昏迷、低钾血症、低钙血症等并发症。如果孩子的病情开始好转，腹泻的程度也有所下降，基本就可以出院。腹泻严重时需要禁食4-6小时。婴幼儿可以选择母乳喂养，也可以选择其他乳制品。如果是给孩子喝奶粉，在恢复饮食时应该先把奶粉的浓度降下来，然后再慢慢恢复到原来的浓度患病期间，一定要小心处理孩子的呕吐物和排泄物，平时要养成孩子勤洗手的良好习惯。
