首先要治疗小儿的慢性肠炎，要根据孩子的肠道是否有不同的分类，如果是细菌性肠炎，可以口服一些抗生素，在医生的建议下使用。同时要及时的用药物来治疗儿童的慢性肠炎，如果病情稍微好一点的话，如果不及时停止用药，可能会导致病情加重。小儿慢性肠炎的患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用必要的药物进行治疗，改善腹泻、腹痛等情况。
如果慢性肠炎明确有细菌感染，可以使用抗菌药物，如头孢克肟、克拉霉素等。
如果慢性肠炎患者腹泻，可使用蒙脱石散止泻治疗。如果患者腹痛，可以使用山莨菪碱等解痉药物治疗。若患者出现慢性肠炎，应及时去医院就诊。药物需在医生的指导下使用。治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，患者可以适当增加营养的摄入，有利于身体恢复。
通常来说，慢性肠炎治疗方法有很多，具体分析如下：
慢性肠炎主要是由细菌，梅毒，原虫等微生物感染引起，也可能是由于过敏变态反应等引起的，出现腹痛、腹泻、消化不良等症状，严重者还会出现粘液便或水样便。要多休息，多吃容易消化的食物，不要吃油腻、辛辣的食物，要注意腹部的保暖，还可以服用解痉剂和止泻剂，同时控制自己的情绪。
一般病人应该是小儿消化不良导致的，反复发作的餐后饱胀、早饱、厌食、嗳气、恶心、呕吐、上腹痛、上腹烧灼感或反酸为主要表现，而经各项检查排除器质性、系统性或代谢性疾病。一般病人可用合适药物，结合小儿推拿按摩治疗，饮食定时定量，给予易消化食物。
减少汤汤水水的摄入，减少吃促进下奶的食物，刚开始断奶时，可搭配配方奶或是牛奶，与母乳来交替喂奶，让宝宝适应。自然断奶效果不佳，改用人工回奶。人工回奶有回奶药物、打回奶针等方式。可以口服或肌肉注射雌激素类药物回奶。
一般情况下，可以通过临床症状、检查结果等来判断慢性肠炎，具体内容如下：
1.临床症状：如果患者患有慢性肠炎，可能会出现腹痛、腹泻、粘液脓血便等不适症状，病情比较严重时，患者还可能会出现发热、恶心、呕吐等表现。
2.检查结果：如果患者患有慢性肠炎，通过纤维结肠镜检、便常规检查、血常规检查等方式，通常能发现相关数值的变化，从而确诊患者的病情，并针对性地进行治疗。