宝宝肛瘘痒疼需要用中药洗液缓解。日常注意宝宝的个人卫生，勤洗澡勤换内裤，温水坐浴。平时不能吃辛辣刺激性食物。需要注意有湿疹或者蛲虫感染引起的肛门搔痒症，瘙痒严重可以使用药物。
肛瘘疼痛比较明显，可以口服止疼片，比如曲马多药片，可以有效的缓解疼痛。如果疼痛的特别严重，也可以静脉滴注福比洛芬来止疼，这样止疼效果会比较长。疼痛比较明显的时候也可以肛塞，具有解热镇痛的作用。
手术过程是无痛的，因为手术中需要骶管麻醉。麻醉效果令人满意，不会出现疼痛症状。然而，一旦手术后麻醉药物通过，疼痛可能会发生。然而，如果疼痛无法忍受，止痛药物仍然可以使用。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
挂线手术是目前治疗肛瘘有效常用的方法，手术腰麻下进行，手术过程中是感觉不到疼的，手术操作首先将窦道探明，就是将皮筋从窦道外口穿入，内口穿出，然后经肛门打结，勒紧。术后通过皮筋持续性收缩，逐渐将窦道勒豁，然后窦道从里向外愈合。
