菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
拉肚子不可以吃益生菌的，由于喂养不定时，量过多或过少或食物成分不适宜，如过早喂食大量淀粉或脂肪类食物，突然改变食物品种；对牛奶或某些食物成分过敏，喂食后可发生腹泻。传统的腹泻治疗方法，主张让患儿禁食一段时间.然而，这样有碍于身体的营养补充，容易发生营养不良.现在不要让腹泻的宝宝吃益生菌。
益生菌拉肚子可以吃，不用过于担心。
腹泻期间可以服用益生菌，这是因为益生菌能促进肠道内的益生菌起作用和抑制有害菌，从而达到调整肠道菌群失调、维持肠道内菌群平衡的目的。腹泻主要与肠胃菌群失调、饮食不当、腹部着凉、肠胃炎症有关，可以口服益生菌、口服诺氟沙星、藿香正气水等，有利于缓解相关症状，促进身体恢复正常。
通常情况下，吃了益生菌拉肚子可能是胃肠功能紊乱、肠道菌群失调等情况导致的。
益生菌可以调节肠道菌群，如果肠道功能紊乱或者肠道菌群失调，则说明肠道中含有大量的有害菌，益生菌等有益菌进入肠道后，会与有害菌进行抗争，导致腹泻，通常一两天后，菌群就会恢复正常，这是益生菌的调节作用。另一种是消亡反应，人体突然进入某种细菌后，会产生一些副作用，通常一到两天会逐渐消失。
宝宝拉肚子是可以服用益生菌的，可以补充肠道内正常菌群，针对致病菌，调节肠道功能，但是服用益生菌也有注意事项，尽量选用二联以上的益生菌制剂，这样可以从多方面补充肠道的菌群，效果比较好；不要和吸附剂同服，会减弱益生菌的作用。
拉肚子，在医学上又被称为腹泻。孕妇出现腹泻的症状，主要可能是受凉或者饮食不当所导致的，而能不能吃益生菌治疗则需要分情况而定。如果腹泻是受凉所导致，则不需要吃益生菌，将热水袋紧靠腹部便可以缓解。如果腹泻是由于饮食不当，则可以吃益生菌来治疗。此外，孕妇在怀孕期间，应该注意自身的饮食，不吃生冷、辛辣、刺激性的食物，做到规律饮食。
