接种之后可以出现严重的过敏反应，个别人甚至出现休克或者是死亡。另外也可能出现高热，红肿的过敏反应。所以接种疫苗后要在接种点观察30分钟，以免出现反应不能及时的处理。
发热，呕吐，腹泻，过敏，精神反应差，针眼周围红肿感染等不良反应，其中最常见的不良反应是发热，多见于低热，一般予以物理降温，多喝点水就行，如果精神反应好，无需其他特殊处理。
发热，接种部位的红肿热痛，全身可能有各种各样的皮疹，可能有腹痛，呕吐等。将脑膜炎球菌培养后灭活，进行多糖的提取、纯化而得到的冻干疫苗，是一种完全抗原疫苗，副作用比别的疫苗要多一些。
接种以后2-3周局部出现小硬结，逐渐软化，形成小脓疱或者是形成脓肿，穿破皮肤形成浅溃疡，直径不超过0.5cm，然后结痂。痂皮脱落后，可以留下永久的疤痕，通常接种后100天左右去复检。
只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与疫苗接种大致相仿的轻微反应，多在1～3天内不治自愈。如果患急性传染病或其他慢性疾病不能接种乙肝疫苗患有皮炎、化脓性皮肤病、严重湿疹的小儿不宜乙肝疫苗接种。
新生儿在打完卡介苗后一般会出现发热和注射部位的皮肤红肿的不良反应，小部分新生儿有对疫苗过敏，可能会出现皮疹。如果体温不高，家长不要担心，加强护理和喂奶充分，体温会自行恢复。如果皮疹是散在出现的，也不需做任何处理，过几天就会自行减退。
