生殖器上长水泡可能是龟头炎和生殖器疱疹引起的，在疱疹早期发病的时候，患处会有一些红斑、丘疹、水泡，数个或更多个，继可成为脓疱、糜烂或溃疡。伴有瘙痒或疼痛。至少持续l周-2周后，损害结痴、愈合。一般3周-4周皮损消退，但可发生新的损害。不管是龟头炎还是生殖器疱疹都应及时去当地正规医院选择科学的方法及时治疗，以免病情恶化。平时也多应该注意局部卫生，勤洗澡勤换衣，不抽烟、不酗酒、养成良好的生活习惯。
一般来说，包皮上长个小水泡可以通过一般治疗、药物治疗进行处理。具体分析如下：
如果患者出现包皮上长个小水泡的情况，首先应该注意避免辛辣刺激的食物，同时应该注意局部的清洁卫生，如果患者的症状严重，可以在医生的指导下使用夫西地酸软膏、阿昔洛韦软膏等药物进行治疗。
此外，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
有珍珠疹等病患的可能，珍珠疹的病因尚不明确，无明显症状，也不具有传染性，可以到医院就诊检查以明确诊断，如诊断为珍珠疹可无需特殊治疗，保持清洁卫生即可，也可考虑进行激光治疗，如有包皮过长，可进行包皮环切手术治疗。
由于没有看到具体情况，无法给出明确的判断，不排除有，生殖器疱疹的可能。最近有没有不洁性生活史，如果有这种，可能是很大的，所以去当地医院泌尿外科看一下，明确诊断之后再进行下一步治疗。
阴茎内包皮里长了个针孔大的小水泡。如果没有什么症状，也就这么一个继续观察一下，保持阴部清洁，每天用清水清洗一次，清洗时要翻开包皮清洗龟头冠状沟，如果有痒痛症状又有不洁的性生活，是不能排除感染疱疹病毒的。淋球菌感染通常会有脓性分泌物，支原体检测包括人型和解脲原体，这是一组的都需要检测。
