肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织或周围间隙内发生急性化脓性感染所致。建议出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
肛周囊肿是可以保守治疗的。肛周脓肿的保守治疗方法，是在肛周脓肿早期，肛周触及到硬结还没有化脓，此时应该积极的抗感染治疗，可以口服治疗。同时每次排便后要用花椒水熏蒸坐浴，每天两次。同时要禁食辛辣生冷，刺激油腻的食物。
得了肛周囊肿要去相关机构进行检查治疗。可以多吃新鲜蔬菜水果补充营养，也可以通过一些食补，比如鸽子汤、黑鱼汤等补充元气。但是在饮食上是需要忌口的，就是辛辣刺激食物不能吃，还要戒烟戒酒。
肛周囊肿最多见的就是皮脂腺囊肿，或者是浅表的感染之后继发的囊肿，会有明显的肿物，或者病人出现排便异常，甚至排便不成形，排便困难；反复的刺激也会导致大便带血，进而影响到病人的生活或者工作。
肛周脓肿的保守治疗主要包括以下几个方面抗生素抗感染治疗，在临床上一般选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素进行抗感染治疗，做过肛周脓肿脓液的细菌培养加药敏试验，要根据细菌培养加药敏试验的结果。
