一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
核磁共振是通过核磁共振来检测人体的内脏，不会产生辐射，所以不会对人和大脑造成危害，甚至连婴儿都不会造成危害。核磁共振的时候，身体要保持平稳，正常的扫描要20分钟，如果要做X光或者做血管造影，则要花费更多的时间，所以，宝宝只能在睡觉的时候做，或者是在睡觉的情况下使用镇定剂，这样才能让手术成功，影像清晰，结果也更加可信。
胎儿磁共振检查是帮助患者弥补超声检查不足的方法。当下，检查胎儿、胎盘和羊水状况的主要方法为产前超声，但受到孕妇肥胖、胎儿体位等因素的影响，产科超声无法进行检查，此时就需要进行磁共振检查。磁共振可以检测胎儿有无畸形、胎盘情况、羊水情况、子宫畸形、多胎、妊娠合并子宫肌瘤、卵巢肿瘤等情况。不过在怀孕的三个月内，胎儿的各个器官都在进行发生分化，所以不宜进行核磁共振检查。
脑CT和磁共振的区别通常是比较大的。
脑CT和脑核磁是两种截然不同的检查方式，他们的关注点也不一样，虽然可以看到相似的地方，但却有着很大的差别。脑部CT是出血性疾病的首选，而脑部核磁共振则是缺血性疾病的首选。此外，磁共振检查所需要的检查时间会比头颅CT要长很多，一般脑CT检查只需要数10秒或者1分钟就能完成，而磁共振检查通常需要十几分钟，甚至更长时间。
脑部CT和核磁共振相比较，肯定是CT有辐射，而核磁共振没有辐射。因为CT的检查原理是通过X射线来进行扫描，这个检查是有辐射，无论做什么部位都有射线。而核磁共振的检查原理是通过磁场来进行扫描，没有辐射。所以这两个检查的原理不一样，CT有辐射。
