凌晨咳嗽厉害，首先需要考虑的是咳嗽变异性哮喘引起的，咳嗽变异性哮喘的典型表现就是发作性干咳，常发生在半夜或者凌晨。治疗上主要以吸入性糖皮质激素为首选。
这可能是咳嗽变异性的哮喘导致的咳嗽，在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
有可能是有呼吸道感染或是有支气管痉挛的，观察咳嗽时有没有痰，尤其有支气管炎或者是肺炎的可能性比较大，可以通过做相关检查进行确定，是否有发烧等症状。根据病情采取有效的药物治疗。有感染的情况下，需要及时的服抗生素消炎药。
考虑气道有不同程度的炎症反应。气道有炎性物质分泌物的刺激，可能气道还存在有狭窄，也可能与支气管平滑肌的收缩和痉挛有关。另外就是受到了支原体、衣原体的感染。
小儿凌晨四五点咳嗽可能因感冒鼻涕过多，平躺倒流刺激咽后壁引起，也可能是支气管炎或咽炎引起的，可以到医院查血常规、胸部X线以明确诊断，咳嗽是一种反射性的保护动作，当呼吸道内有异物或分泌物时，通过咳嗽咳痰可将其排出。
宝宝夜间出现咳嗽症状。要考虑身体有病原体感染引起的。常见于病毒，细菌，支原体等。宝宝的情况考虑是由于急性支气管炎引起的咳嗽，现在痰液比较多，宝宝又比较小，如果服用化痰止咳药物效果不好的话可以采取雾化帮助治疗。同时注意多喝水，清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物。
