一般情况下，肛门毛囊炎可以在医生指导下使用药物进行治疗，具体内容如下：
肛周的毛囊炎因为其位置比较特别，很容易被粪便所沾染，因此要经常清洗，保持局部的干净，经常更换内衣，可以用1:8000的高锰酸钾溶液进行坐浴，然后涂夫西地酸乳剂或多粘菌素b软膏，百多邦软膏，氧氟沙星凝胶等。病情较严重的患者可以服用一些抗生素。不要吃辛辣和刺激性的食物，不要喝酒。
毛囊炎需要忌口，忌口跟局部炎症刺激有关系，吃辛辣刺激的东西，会促进炎症物质的释放或者产生，这样就会症状就会加重。忌口主要是体质，当然主要是热，热有两种一个是内热，一个是外热。外热比如说环境，高温，潮湿，或者是干燥这种环境容易得毛囊炎；内热比如熬夜，吃东西不规律，容易得毛囊炎。忌口吃辛辣刺激，肥肉甜食的食物。
毛囊炎出现化脓感染的问题，首先要注意皮肤的清洁卫生管理。控制饮食，避免辛辣刺激食物，减少出汗的概率，要做一个局部病灶的病原学检测，然后根据感染的病原菌，选择对症的抗生素治疗，通常是局部用碘伏清创消毒处理之后，使用纱布局部湿敷，然后使用等抗生素治疗。可以先用这些药物治疗看看，如果效果不佳再考虑换药。平时注意皮肤的卫生清洁。饮食上避免辛辣刺激性食物。
毛囊炎出现在人体的任何部位都是有可能的，即使是肛门也不例外。肛门周围发生毛囊炎大多是不注意个人卫生导致的，确诊后应该及时到医院进行治疗，并且积极配合治疗，平时注意个人卫生。
毛囊炎初发为与毛囊一致的炎性小丘疹，周围有红晕，迅速变为脓疱，中心常有毛发贯穿，脓疱如粟粒大小，不相融合。疱壁薄，破后有少量脓性分泌物，自觉瘙痒及微痛，数天后干燥结痂而愈，不留瘢痕。平时注意饮食清淡不要食用辛辣刺激性食物建议采用中医治疗。
