药物流产的最常见并发症是宫内残留，如果残留不及时清除，会影响子宫收缩，流血量增多，子宫不容易治好，清宫后如果清理得比较干净，又没有其他的异常，流血会逐渐减少。至于清宫后，多久会停止流血，跟个体差异有关。大多数7天内流血相对较多，以后会逐渐减少。清宫后半个月后会停止流血。
一般来说，药流使用以下药物流得比较干净：
米非司酮和米索前列醇片是药流最常使用的药物，它们效果比较好，流的比较干净，成功率高达90%；但是患者个人体质、胚胎的发育情况等都可能会影响药流的结果，建议药物流产最好在医院留观，便于出现不对时，能及时治疗。
药流后，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
可以测量一下体温，没有超过38度，可以用物理降温。超过38度可以口服退烧的药物或者打退烧的针剂治疗，也可以吃些消炎的药物治疗，注意卫生，每天用清水清洗外阴，每晚用热水洗泡脚不要熬夜，作息规律保证充足的睡眠，可以吃些补气养血的药物治疗。
药流一个月后清宫时就比较晚了，药物流产之后，阴道会流血7天-10天左右，如果超过半月就是宫腔残留，必须行彩超检查。如果彩超确认是宫腔残留，那就需要行清宫手术，时间太长，宫腔残留组织机化，清宫手术就比较困难，而且容易损伤子宫内膜。
流的成功率只有75%左右，相对于无痛人流99%的成功率显然是低了很多。而一旦出现流产不干净，残余的胎膜组织会造成血崩，须立即入院进行刮宫清理，否则会有生命危险。经常会碰到一些药流后造成大出血的患者。即使不会造成大出血，残余的胎膜组织也会影响日后孕育。
