无痛肠镜是在全麻下进行的，机械更小巧更精细，没有痛感，电镜下检查更清晰，但是费用稍高。只要合理用药，加强管理，全麻是不会对人体产生严重危害的。普通肠镜检查是清醒的，用相对较大的传统肠镜从肛门进入镜子来检查肠内结构变化。因检查时肠镜要通过大肠的几个正常的生理弯曲，还要充气才能看清肠内情况，所以会产生腹胀、疼痛等不适感。
普通的肠镜检查一般有一些疼痛的，在做肠镜检查之前，需要做好肠道的准备，需要进行清洗肠道，排至清水便的时候才可以，以免影响检查的效果。在检查需要放松心情，深呼吸，不用过于紧张。
通常来说，普通肠镜检查会有一定的痛苦感。
肠镜是一支细长可弯曲的医学仪器，直径大约1厘米，结肠镜通过肛门进入直肠，直到大肠，可让医生观察到结肠和大肠的内部情况。结肠镜检查是医生用来检查大肠及结肠内部病变的一种诊断方式。而普通肠镜检查一般不会进行全麻，所以会有一定的痛苦感。建议术前做好清洁工作，以免加重不适的症状。
做肠镜检查前2-3天均需进行低渣饮食，如粥、粉、面等，切勿食用蔬菜、水果；检查前1天需服用泻药，将肠道彻底清洁；检查时是通过一根软管插入肛门，对整个大肠和回肠末端进行检查。肠镜检查分为进镜和退镜两个过程，进镜时间因肠道的形状不同而不同，但大部分都能在3-5分钟内完成；退镜时需要仔细观察肠道黏膜的变化，比如是否有息肉等，所以退镜的时间至少需要6分钟以上，故整个肠镜检查至少需要十几分钟。
普通肠镜的腹痛程度主要和内镜医师的操作水平，肠道病变的情况以及被检查者的耐受度有很大的关系。大部分情况下肠镜引起的腹痛症状均是在可以耐受的范围内，但是对于过度紧张、肠道走行迂曲、炎症性病变明显、肠道准备不充分的人群，进行肠道检查时有可能疼痛较为明显。当然如果内镜医师经验尚浅，操作不规范、进镜过快、注水注气过多也可以造成明显的腹痛。有时腹痛剧烈，难以忍受。
两者各有优缺点。应该看自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，再就是操作过程中如果有不舒服的情况可以及时告知，减少肠穿孔的风险。缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心律失常，还会增加肠穿孔的风险。
