肛周脓肿会引起出现疼痛，可表现为肛周的持续性、跳动性的疼痛，行动不便，坐卧不安，但是全身症状不明显，病变的地方常常有明显的红肿，而且有硬结和压痛，甚至有的时候还可以触及波动感，穿刺的时候可以抽出脓液。
肛周脓肿的疼痛可以使用止痛药。这种疼痛的止痛药有口服的，也有肌注的，这些止痛药的作用仅仅是止痛，而且有时间性，时间长了，药性过了就不起作用了。所以，肛周脓肿的疼痛，还需要及时治疗肛周脓肿的疾病。
手术肯定是疼，只是在做手术当时是不会疼的，麻醉是由麻醉师来完成的，但麻药过后会痛的，可以要点止痛片，过一个晚上主动性的疼痛会好点。如果用的是半身麻醉，做完手术后下半身会完全没有知觉，然后慢慢恢复知觉。
肛周脓肿伤口用酒精消毒是很疼的，肛周脓肿伤口用碘伏消毒，具有抗感染的作用。另外，注意饮食清淡多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素，不要吃辛辣，刺激性的食物。平时多加运动，提高自身免疫力。
肛周脓肿及肛瘘手术都是会打麻醉的所以术中的时候是不会感觉到疼痛的，不用太过于担心。二者主要表现在术后早期及换药的时候疼痛比较厉害，疼痛程度二者基本差不多，如果不能忍受可以使用止痛药。
少数肛周脓肿可以热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗的，平时保持肛门清洁，还有要多食果蔬，矫正便秘，多吃燕麦、糙米等富含膳食纤维的食物，注意少吃油炸、熏烤、味香、肥美的油腻食品的。
