针对于自身免疫性肝病，在临床方面最关键的一个检查项目就是肝功能五项检查，选择做蛋白代谢功能试验、肝纤维化诊断以及尿液检测等，部分还可能需要做HBV病毒标志物的检测。
胰岛细胞抗体有90%都是出现在胰岛细胞抗体，对病情具有一定的诊断价值，适合从未使用过外源性胰岛素的病人，一般可体检出与胰岛素相结合的自身抗体。抗胰岛素自身抗体的出现与I型糖尿病有一定的关系。
自身免疫性脑炎是一组病因不明的难治性局灶性持续发作疾病，并有进行性偏瘫及智力低下。病理上表现为一侧慢性脑炎。神经影像学上有进行性大脑半侧萎缩。用大剂量干扰索和人体免疫球蛋白。仍无效者最后可用泼尼龙静滴。
自身免疫性糖尿病是指1型糖尿病中最常见的1A型糖尿病，是一种免疫介导的糖尿病。
其发病机制是由自身免疫、遗传因素和环境因素引起的。患者体内存在易感基因，使得患者更容易产生自身抗体。这些人会出现由环境因素引发的自身免疫反应。自身免疫反应开始后，产生针对胰岛细胞的特异性自身抗体，导致胰岛细胞坏死或凋亡，胰岛功能受损，胰岛素分泌减少。当胰岛细胞继续受损到一定程度，仅剩20%左右的细胞时，患者血糖会明显升高，发生糖尿病，需要终身胰岛素治疗。这种糖尿病主要见于儿童和青少年，成人也有自身免疫性糖尿病，称为成人隐匿性自身免疫性糖尿病。
甲状腺抗体是免疫系统对甲状腺自身成分产生的自身抗体，经常测定的包括甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体和促甲状腺激素受体抗体。
在甲状腺激素生产过程中，甲状腺需要使用甲状腺球蛋白作为生产线，碘有机化合成甲状腺激素也需要甲状腺微粒体。免疫系统如果不认识甲状腺球蛋白和甲状腺微粒体，就会自认为是敌人而发生反应，通过自身免疫反应产生自身抗体。
自身免疫性糖尿病是指1型糖尿病中最常见的1A型糖尿病。
免疫介导的糖尿病，其发病机制是由自身免疫、遗传因素和环境因素引起的。目前认为环境因素主要是病毒感染，如风疹病毒、腮腺炎病毒、柯萨奇病毒、肠道病毒等。自体免疫反应开始后，对胰岛细胞产生特异性自身抗体、胰岛细胞坏死或细胞凋亡、胰岛功能受损、胰岛素分泌减少。胰岛细胞受到一定程度的损伤，只剩下20%左右的细胞时，患者血糖明显升高，发生糖尿病，需要一辈子胰岛素治疗。这种糖尿病主要见于儿童和青少年，成人也有自身免疫性糖尿病，称为成人隐匿性自身免疫性糖尿病。
