复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的较好方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。
复杂性尿路感染需要根据病情的轻重来进行治疗。在治疗复杂性尿路感染时，需要考虑到患者的排尿功能和其它可能的因素，需要进行营养支持。如病情较重，一般需入院，糖尿病、尿路梗阻等基础疾病要进行有效控制，并配合内分泌专科等专科医师进行综合处理，否则仅靠药物是很困难的。其次，要依据临床实践，应用广谱抗菌药物，在用药过程中，要根据病情和耐药性的改变，适当的改变治疗方法，有些病人还需通过联合治疗来改善情况。
一般来说，子宫内膜复杂增生属于恶性肿瘤，女性在女性中年纪大了，没有生育需求，需要进行子宫摘除。对于年龄较小，有生殖需求，或满足了生育需求，需要保存子宫的病人，可以通过服用黄体酮和地屈孕酮来进行治疗，因为孕激素具有抵抗雌激素和薄化子宫内膜的功能。第二种是将“曼月乐环”置于子宫腔中。曼月乐环可以在一定程度上产生左炔诺孕酮，起到一定的保护作用。
高位复杂性肛瘘应通过手术切除病灶、术后引流和及时换药进行治疗。肛瘘主要是由于肛周脓肿或肛裂症状，未能及时有效控制，导致肛门内瘘形成和外溃疡或便血。应注意预防肛门疾病的发生，补充粗纤维食物，多运动，保持肛门局部清洁。
肛瘘有许多特殊原因，既有先天性的，也有后天的。它会引起不同的症状，如肛门红肿疼痛和排泄物溢出。如果诊断明确，应考虑及时手术治疗。然而，手术后很容易复发。通常，饮食是清淡的。不要吃辛辣、刺激、油腻和难消化的食物，多喝水，多吃蔬菜和水果，保持粪便柔软。
痔疮的治疗原则是遵循先保守治疗后手术治疗和微创治疗原则，保守治疗没有效果才考虑手术治疗，或者保守治疗的预期效果不佳，下则首先考虑手术治疗。保守治疗包括药物治疗和非药物治疗，药物治疗包括中医辨证论治的中药汤剂。
