扁平疣好了留下的色素绝大多数时间长了就会慢慢地变淡变消失，如果3-6个月以后还没有消失的话，可以用一些效果好的药物来涂抹，并轻轻地进行按摩，也可以起到淡化色素斑的作用。
可以用精油等局部涂抹，平时饮食要清淡些，多补充些含维生素丰富的蔬菜水果。扁平疣是乳头瘤病毒引起的皮肤上突出的病变，表面多扁平光滑，无明显不适，好发于面部、手背等处。
扁平疣黑色素是指扁平疣留下的黑色印记，患者可通过液氮冷冻、二氧化碳激光等方式来淡化。
1、液氮冷冻：液氮冷冻主要是利用液氮所产生的超低温，作用于扁平疣留下的黑色印记表面，使局部组织细胞失去活性，并让坏死的细胞自动脱落，从而达到淡化印记的目的。
2、二氧化碳激光：针对扁平疣留下的黑色印记，患者可通过二氧化碳激光的方式来淡化。该方法主要通过瞬间爆发的光热，直接作用于皮肤深层，改善色素沉着，从而达到淡化印记的目的。
扁平疣用醋是有可能去掉的，白醋的作用是改疣周围的化学环境，使疣萎缩坏死，但这样的情况下周围正常的组织也会坏死，所以这种方法可行。不要在强光下暴晒，可以多吃富含维生素的食物，比如葡萄，苹果，猕猴桃，香菇等，有利于促进皮肤恢复原来的健康。
可以外涂药膏，多吃蔬菜水果。使用能修复皮损，有效提高细胞活性，促进细胞再生，从而修复缺损的真皮层的药物。假如不是瘢痕体质，通常是可以淡化的，平时适当多喝水，促进皮肤的新陈代谢。
如果是在医院治疗的，一般的情况下都不会留下疤痕的。建议这几天注意休息和防晒，这个部位尽量不要沾水，也可以适当的外用点表皮生长因子凝胶，对扁平疣的恢复和预防色沉都是很有帮助的。