肛瘘的鉴别诊断主要应当与肛门直肠周围常见疾病进行鉴别。比如肛周脓肿，也是一种感染性疾病，病情相对比较急骤，可伴有局部红肿，疼痛及波动感。其次，肛瘘也应当与肛裂进行鉴别，肛裂通常表现为便秘、便血和疼痛症状，肛门周围没瘘口存在。肛周皮脂腺瘤感染破溃之后与也不容易与肛瘘相鉴别，在详细检查之后，可以发现前者并没有与直肠腔内相通的内口。
考虑还是存在肛瘘，它的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。到正规大医院肛肠科好好咨询检查明确诊断，如果病情轻的话，可以采用保守治疗。如果药物效果不好，或者病情继续加重，就需要做手术了，通过手术将瘘管全部切开。
症状可能是痔疮引起的，与便秘有关，痔疮分为内痔和外痔，平时多吃蔬菜水果，预防便秘，可到医院肛肠科确诊一下。饮食不节：如食用辛辣刺激食物、过量饮酒或食用海鲜导致腹泻，长期反复的腹泻引起局部感染，蔓延至肛门周围，形成肛瘘；2、病人有基础疾病：包括血液疾病，其免疫力和全身抵抗力下降；传染性疾病如结核，感染结核杆菌后，引起肛周病变；传染性的性传播疾病。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
宝肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。注意饮食，少食辛热煎炸等刺激性食品及过量饮酒。一旦发生肛周脓肿，一定要及时进行手术治疗；养成定时排便的好习惯，防止大便干结，损伤肛管皮肤，造成感染。
