引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
男性阴茎发育情况如果与正常人的差异很大，那么就需要考虑是否是生殖器畸形。这就需要进一步做性染色体方面的检测。明确是否有假两性畸形或是女性男性化、男性女性化的情况，进一步对症处理。必要的时候可以考虑手术治疗。
阴茎短小的原因有很多，不仅仅有先天性的原因也有后天性的原因，遗传因素是引起阴茎短小的常见原因，也和体格有一定的关系，一般体格健壮，身材高大的男性生殖器也会发育的大一些，另外在男性出现有隐睾症，内分泌失调，雄性激素分泌不足等的时候都可能会引起阴茎短小。
可以选择当地正规的三甲医院进行就诊，一般挂泌尿科或男科都可以，阴茎疲软时小于四厘米，勃起时小于八厘米，称为阴茎短小。建议平时饮食清淡，荤素搭配好，少吃辛辣刺激的食物，加强锻炼，特别是腰腹部的锻炼。
如因两性畸形阴茎发育不全，可适量应用激素治疗，及时做成形术，因包茎所致的阴茎短小，应及早做包皮环切术，以利于阴茎发育。对于阴茎短小的人，如果是在青春期之前，可以选择注射一定的雄性基素，促进阴茎的发育。
