阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
出现阴茎短小的原因，可能是因为先天发育不良导致的，也可能是因为后天营养不良导致的。时候到医院检查一下，如果是符合手术要求的是可以做手术治疗的。如果勃起的长度大于8cm以上，这种不影响性生活，这样可以不用处理。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
阴茎短小考虑是发育问题。不同人种阴茎的发育是不一样的，阴茎的大小也不一样。需要关注勃起的状态，而不是静息长度。中国人阴茎长度约为6-7公分，直到10公分，这是静息状态。6公分可以接受，没有问题，不影响生活。发育原因导致阴茎短小，从一开始就发育不良，是激素刺激不够或者激素刺激的时机不对，最终造成阴茎比较短小。增大阴茎的办法就是通过延长手术。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
性生活时间只要不低于二分钟就是正常的，阴茎短小没有什么药物可以治疗。阴茎大小存在个体差异。勃起后长8-16cm，自然状态下长3-5cm，如果勃起小于8厘米，疲软小于3厘米就属于阴茎短小。18周岁生殖器就发育成熟了。如不满意，阴茎延长术是实现成年人阴茎延长的方法，只有手术来治疗。