一般情况下，婴儿川崎病的诊断要根据其临床症状来判断。具体分析如下：
1、会有持续高烧，并且对抗生素的治疗也不是很有效；
2、发烧，会有全身的红疹，嘴唇附近的粘膜破裂，还有一种叫做“杨梅”的舌头。一些孩子也会有红眼病、颈淋巴结有显著增大。一般的感染一般不会有血沉的现象。其它试验缺少特异性症状。川崎病的诊治要考虑多种因素。
婴儿川崎病的确诊首先要看临床表现。第一川崎病的患儿会出现持续的高热，而且使用抗生素的效果比较差。第二婴儿在发热的同时，还会出现全身的皮疹，口唇周围的黏膜裂口，出现杨梅舌。
去医院检查进一步确诊。川崎病主要症状常见持续性发热，5～11天或更久（2周至1个月），体温常达39℃以上，抗生素治疗无效。常见双侧结膜充血，口唇潮红，有皲裂或出血，见杨梅样舌。手足呈硬性水肿，手掌和足底早期出现潮红，10天后出现特征性趾端大片状脱皮，出现于甲床皮肤交界处。还有急性非化脓性一过性颈淋巴结肿胀，以前颈部最为显著，大多在单侧出现，稍有压痛，于发热后3天内发生，数日后自愈。
川崎病是一种血管炎综合症，急性期在手脚末梢出现红肿，到第四周时可能在手脚掌或指尖及肛门周围产生脱皮现象。多形性红斑，全身可能会出现各式各样的斑疹。加上持续高烧五天以上，并且能排除其它可以造成类似症状的疾病，才能正确诊断为川崎病。
儿皮肤黏膜淋巴结综合征又称川崎病，是一种以全身血管炎为主要病变的急性发热出疹性小儿疾病。高发年龄为5岁以下婴幼儿，男多于女，成人及3个月以下小儿少见。临床多表现可有发热、皮疹、颈部非脓性淋巴结肿大、眼结合膜充血、口腔黏膜弥漫充血、杨梅舌、掌跖红斑、手足硬性水肿等。确诊要结合孩子临床表现综合判断，根据目前情况来看，还不能确诊为手足口病，注意观察，可以进行诊断性治疗，看看效果。