细菌感染是用普通抗炎药治疗的，但真菌感染主要是由于抗炎药的过度使用造成的，只有杀死普通细菌后才会导致真菌感染，因为普通抗炎药对真菌无效，只有特殊的抗真菌药才能治疗真菌感染。这就是区别。细菌感染是由病原菌或条件致病菌侵入血液循环进行生长和繁殖并产生毒素和其他代谢物而引起的急性全身感染。
要区别感染菌，可以从症状和外观进行判断。比如细菌性的龟头炎有可能会有红肿疼痛等，真菌性的龟头炎有可能有形如包皮垢的东西增多，有发痒等异常现象。建议最能准确的判断是否是真菌还是一般细菌，可以做化验的检查，就能准确的分别开来。
梅毒一般不属于真菌感染的范畴。
梅毒是苍白螺旋体所致的一种慢性系统性传播疾病，梅毒病原体为梅毒螺旋体，总体上属细菌范畴，不是真菌感染所致传染病。梅毒可侵害脏器，可表现为淋巴结肿大，皮肤溃烂及腹痛腹泻等。多由性接触，母婴传播及血液传播而引起。可以在医生指导下使用抗生素进行针对性治疗。
真菌感染一般不能自愈。
皮肤霉菌感染通常不会自行治愈，要有针对性的应用一些抗菌药物。浅表皮肤的霉菌性炎症，可以用药治疗，比如：浅表皮肤的霉菌，比如：体癣，花斑癣，足癣，股癣等，可以口服联苯苄唑乳膏，特比萘芬乳膏，萘替芬酮康唑乳膏，阿莫罗芬乳膏等，这些都可以通过一定的剂量进行治疗。
手部真菌感染通常是指手癣，通常出现在手指指缝和手掌侧。手癣是一种常见的皮肤瘙痒，伴有脱皮、脱屑等症状。部分患者会先有明显的破溃、渗液、潮红等症状。也有部分患者会出现水泡，水泡破溃后会出现蜂窝样的糜烂面。局部真菌感染时间过长，会导致手部变得粗糙、干燥、角质增厚。
在临床上也有部分患者会出现手背上的真菌感染，但是如果是这种情况，一般都是以瘙痒、局部出现红斑、丘疹、脱皮、脱屑等为主。
