首先要明确是否是肛周脓肿。可以行B超检查，有时也可行穿刺检查。如果肛周脓肿确诊了，手术治疗。如果只行脓肿切开引流，那么有一半的病人还会复发，即形成肛瘘。肛周脓肿病人宜食用清淡易消化的食品。忌食腥、辣刺激性食物。
脓肿形成时，即应手术引流。对症支持疗法。在脓肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。用药原则，脓肿形成初期，可行保守治疗，包括应用针对需氧菌和灭氧菌的抗生素，中药清热解毒等。
肛周脓肿的诊断并不困难，根据症状和局部检查即可作出诊断。肛门直肠周围脓肿的主要症状有肛门疼痛、坐卧不安、发热、全身倦怠、大便困难等症状，各种症状又不尽相同。细菌所致的肛周脓肿，初起可感肛周、肛内坠胀不适，轻者可摸到肛周皮下出現的疼痛性小肿块，重者可感到肛周剧痛。局部红肿，高热。活动受限。亦有肛周局部无明显体征。但高热不退、肛内坠胀。常见于骨盆直肠周围脓肿和直肠粘膜下脓肿。
肛周脓肿形成的原因多数是由于肛窦炎感染未得到及时控制，而波及到肛门直肠周围软组织，从而形成局限性脓肿。肛周脓肿的致病菌大多是革兰氏(-)杆菌和厌氧菌的混合感染，大多数病人需要进行手术治疗。
B超检查。B超目前已经广泛应用于肛瘘和肛周脓肿的诊断，一个有经验的检查医师，可以很准确描述脓腔和瘘管的走向，与括约肌的关系，及内口的位置。CT及磁共振检查：主要用于看不见摸不着的高位脓肿。
