肛周脓肿早期可以用抗生素来控制进一步发展，但是如果已经形成脓肿了那就不是吃药的问题了，那就需要手术治疗了。可以做肛门镜检查，以明确具体诊断，方便进一步治疗。
一般情况下，肛周脓肿要换药一个月左右。
脓肿术后半个月之内要每天换药，半个月之后可以二到三天换一次药，直到创口完全长好。主要看伤口情况，平时注意饮食习惯，多吃新鲜蔬菜，水果，注意腹部保暖，忌辛辣刺激性食物，多喝水，保持大便通畅，便后温水坐浴。在换药时要注意脓肿内口的消毒，清除坏死组织和分泌物，更有利于创面的恢复，也能很好预防肛周感染和皮下瘘形成。
肛周脓肿确实是肛门周围的炎症变化，根据中医治疗需要解毒。然而，由于肛周囊肿的特殊性，单纯解毒不能解决根本问题，其最重要的治疗方法是手术治疗。因为肛周脓肿是连接肛管和肛门外部的感染病灶，而不是简单的皮肤疖。因此，治疗原则是去除肛管内外连接的所有感染病灶。临时治疗是切开并引流肛周脓肿。
肛周脓肿早期需要使用抗生素进行治疗，如果引起了脓肿有波动感，需要使用穿刺引流的办法，或者是经常吃辛辣刺激的食物有很大关系，可以去正规的肛肠外科做个检查，根据医生的建议吃些消炎药物，同时用杀菌消炎的药膏治疗，饮食上要注意清淡，大便特别困难，尽量用导泻药物辅助。
肛周脓肿属于感染化脓性疾病，但在感染初期，脓肿尚未形成时，可以采取保守治疗，少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散。但是也要做好手术的准备，毕竟大部分肛周脓肿采用药物治疗是徒劳的。
