一般情况下，新生儿便秘可以采用以下方式进行治疗：
如果新生儿大便的时候大便比较干或者比较硬，可能会导致便秘。新生儿母乳摄取不足会导致大便次数下降，通过提高新生儿乳汁的摄取来达到正常的排便效果。当新生儿的奶水摄取足够多，体重增加后，如果有大便延迟，可以通过肛周的刺激来促进新生儿的排便反应，从而达到排便的目的。
新生儿两天一次大便是很常见的。如果孩子的进食情况是很好的，不会出现呕吐的情况，3-4天一次的情况下，要及时的进行腹部的推拿，主要是以肚脐为圆心，顺时针的为孩子按揉肚皮，促进肠道的蠕动，同时也可以让孩子的肠道更好的活动，4个星期内没有排便，可以使用开塞露来促进排便。
如果孩子长期不排便，并伴随着恶心，需要到儿科医院检查，排除先天性的巨结肠，肠套叠等手术。
如果是母乳喂养，有可能因为妈妈饮食不好，所提供的奶水不好消化导致宝宝吐奶。如果是奶粉喂养，有可能牛奶蛋白不容易消化导致宝宝吐奶。可以换一种奶粉进行使用，还有就是在喂完奶之后一定要拍一下孩子背部，不要横着抱，这样会导致呕奶的一些情况发生。
新生儿便秘有胃肠功能紊乱，消化不良的情况。可以任选一种给孩子服用一周以上时间看看效果。平时可以多用温水毛巾给孩子揉揉肚子促进消化，目前这个可以临时给孩子吃药通便。
奶粉喂养新生儿便秘，考虑长期人工喂养奶粉，上火引起的大便干燥秘结，同时也不排除有先天性巨结肠等疾病。建议换奶粉，可以使用水解奶粉和小分子奶粉，同时适当给孩子喝点鲜榨果汁，促进肠蠕动和排空。
宝宝便秘是一种常见现象，发病原因与喂养不当，奶粉喂养，或宝宝胃肠功能蠕动缓慢有关系，便秘的不良后果有很多，最直接的后果就是肛裂，可引起便后滴鲜血，肛周疼痛。孩子在便后疼痛，就不愿意排便，加重便秘，常伴有食欲不振，因而导致营养不良，精神萎靡，肠道功能紊乱。