脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
可能会有头晕目眩、耳鸣耳聋、视物模糊、恶心呕吐、血压升高、口眼歪斜、面部麻木、吞咽困难、意识障碍、走路不稳、共济失调、复视、偏瘫、四肢瘫等症状，不同的人可能出现的症状不同。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
这要看病情的严重程度，以及选择的治疗方法，和后期的治疗保养和护理，综合性的治疗，是可以改善病症，慢慢恢复的。在脑梗塞康复期要注意以下两大弊端。平时多做康复锻炼，有利于病情康复。
脑干梗死日常饮食中要制约摄入富含脂肪、胆固醇的食物，如：蛋黄、奶油、动物脑和内脏及各种精巧蛋糕和糖等。日常饮食宜选用低脂肪食物，如动物油、酸奶、豆类、鸡蛋蛋清、适量瘦肉、家禽、鱼类等，并注意增加维生素纤维的摄入，如各种蔬菜、瓜果、适量洋葱、大蒜、香茹、木耳等。平时要少吃盐，不要吸烟喝酒，少喝含糖的饮料。
脑干梗死后的康复时间取决于病人的康复时间。
大部分脑干梗死病人都会有很大程度的神经功能紊乱，甚至会有一些意识上的问题，例如睡眠、昏厥等。此外，大部分病人还有语言能力的问题，主要有说话困难、说话困难、喝东西时会呛到。这些病人在入院的时候，往往会有一些并发症，例如：吞咽功能减退，四肢活动障碍，或者是肺部感染等。要等病人出现了严重的言语功能和动作功能的问题，并且意识清醒，肺部感染也得到了有效的治疗。一般是2-4个星期或更长时间。