肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘的术后一般需要住院10-15天左右，在住院期间大夫会给输预防感染、止疼、止血的药物，每天会清洗伤口、换药，一般术后15天左右没有明显的疼痛，这时候基本上就不影响正常的生活。根据创面的大小一般在40-45天左右的时间切口可以愈合，这时候肛瘘就可以完全治愈。
肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。
肛瘘一般自己不会好，要进行手术治疗。急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。肛瘘一旦形成就没有自愈可能，具体多长时间好主要还与肛瘘轻重有关。
肛瘘一般多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
