可能在原位钙化，容易造成输卵管的堵塞，输卵管堵塞以后就容易影响生育，有可能会造成下一次妊娠的再一次宫外孕或者此次治疗出现持续性宫外孕。这种治疗方法对患者伤害是比较小，但是会杀死胚胎。
在手术之后，可能会引发后遗症。由于局部的炎症没有办法彻底清除，很可能会造成盆腔粘连，而引起反复的下腹部疼痛。宫外孕手术时，如果输卵管已经破裂，没有办法进行取胚手术，则只能切除一侧的输卵管，会使怀孕的机会减少50%。在手术之前需要插尿管，很可能会造成泌尿系的感染，而引起尿频、尿急、尿痛、肉眼血尿等膀胱刺激症。
宫外孕的手术时可能会切除患侧的输卵管，即使出于生育考虑保留，输卵管的功能也不会和从前完全一样，再加上因为出血导致的盆腔粘连也减少了受孕几率。也可能会导致盆腔炎症，子宫内膜炎。
宫外孕手术切除左边输卵管，一般是没有什么后遗症的，但是会使自然受孕率降低，如果输软管有炎症，精子卵子结核后还是有可能滞留在宫腔外。发现了宫外孕还是要及时的进行治疗的。
是输卵管不通畅、输卵管通而不畅或者输卵管完全阻塞，可能导致后期再次发生宫外孕。同时也可能引起术后感染，导致周围组织粘连，如盆腔或者宫腔的粘连，进而导致月经量稀少、慢性盆腔痛。
外孕包块破裂而引起大出血，那最常见的后遗症，就是由于出血刺激全腹，而导致全腹部的腹膜炎，从而引起全腹部的持续性疼痛，而且大出血还可能会引起晕厥，或者是休克，平常多注意休息。
