新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
卡介苗和乙肝疫苗可以一起打。
卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。卡介苗可与乙肝疫苗同时接种，不影响彼此效果，并能改善乙肝表面抗原阳性，但应分别向左，右两侧臂进行接种。接种24小时之内切忌沐浴，注意观察皮肤的表面状况及接种后的进食和排便情况、睡着了等，如果不舒服，要与接种机构取得联系，及时咨询医生。
乙肝疫苗和卡介苗能分开打，不在同一个胳膊。一定要分开手臂进行接种，通常是乙肝疫苗接种在右手，另一个接种左手，如果由于某些原因没能接种，乙肝疫苗接种在先，那就2周后再接种；如果后一个接种在先，那要1个月后再接种乙肝疫苗。
一般情况下，新生儿黄疸通常不能打乙肝疫苗。具体分析如下：
新生儿在出生后的第一个月和六个月内打乙肝疫苗。如果新生儿满月30天，预防接种时会帮新生儿进行黄疸的检测。如果肉眼可见发黄，就不能打乙肝疫苗，需要查明病因。如果出现了轻微的黄疸，需要去医院做检查。新生儿需要在黄疸消失后，肝脏功能恢复，没有其他病理性的黄疸时，方可打乙肝疫苗。
卡介苗和乙肝第二针可以一起打。
我国计划免疫规定胎龄≥37周,出生体重≥2500g的新生儿,出生后要接种卡介苗。接种有胎龄和体重限制,胎龄和体重都不达标建议延迟接种。通常3个月内的卡介苗可以直接接种。月龄3个月到3岁,要做PPD试验,阴性才能补种。乙肝疫苗通常是出生后打的第一针,1个月时打一针,6个月时打第二针。出生时卡介苗和乙肝疫苗可以同时接种,若出生时没有接种卡介苗,1个月时可以和乙肝疫苗一起接种。同时接种卡介苗和乙肝疫苗不会降低免疫效果,同时接种有助于提高乙肝病毒阳性母亲生下的新生儿接种卡介苗的效果。
新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
