首次治疗及完整切除肿瘤发现间质瘤的首次治疗极为重要。恶性胃间质瘤治疗方法如果采用合理的首次治疗疗效明显提高，目前治疗恶性胃间质瘤，除了可以选择传统的治疗方法外，还可以选择中医治疗。
手术治疗。食管间质瘤是原发于食管的间叶源性肿瘤。瘤体较小，多为良性，早期多有吞咽困难。只能表面如果出现糜烂或者溃疡可有出血现象。发病原因尚不清楚。手术切除是首选的治疗方法，有恶性倾向的食管间质瘤需要行食管部分切除术。食管间质瘤对放疗和化疗均不敏感。
胃间质瘤术后肝转移的处理办法如下：
肝转移发生后的治疗方法取决于患者具体病情，是出现同时性转移还是异时性转移。同时性肝转移，原发病变可切除，转移灶局限者，通常选择原发灶、转移灶切除手术。如肝脏转移广泛，甚至合并其他部位转移，通常需要进行活检，明确诊断后采用药物治疗以及定期进行影像学评估，如能达到根治性手术，可以考虑手术治疗，不能手术切除者，可以考虑射频消融治疗。
进行生物疗法来治疗。是来自生物体自身的并可通过调动机体固有的防御功能去抵御肿瘤的一些分子和细胞，它们既是机体对内、外环境刺激应答的效应机制，也是机体维持内环境稳定的重要因素。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
