如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
怀孕期间是能吃巧克力的。
一般情况下，女性是可以在怀孕期间吃巧克力的，但是需要适量的食用，因为巧克力当中有较高的含糖量，如果大量的食用，就会提高胎儿的兴奋性，从而使得胎儿出现活动增强的情况，若是活动量过大，就会引起子宫收缩情况的发生。当然，孕妇在平时也是会出现生理性子宫收缩的情况发生，这是不必担心的，若出现的是频繁的子宫收缩，那么就会出现胎儿宫内缺血、缺氧的情况，所以就需要及时的去往医院进行检查治疗。
怀孕初期是可以吃巧克力的。但是一定要适量，不要吃得过多。
有的孕妇在怀孕后会出现低血糖，也可能是因为各种原因，所以要去医院。比如出门吃饭不方便，也可以把巧克力放在自己的背包里。如果有轻度的低血糖，或者是妊娠后的不适，比如口苦、发酸等不适，可以多吃一点巧克力，缓解一下低血糖的情况。不过要注意的是，含有大量咖啡豆的巧克力，在吃完之后会出现明显的兴奋感，还会出现心率加快的情况。
