得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘病人在日常生活中一定要养成良好的生活饮食习惯，因为身体湿热跟肛瘘的发生是有一定的关系的，油腻的食物很容易内生湿热，所以不能吃太多，尤其是辣椒还有海鲜之类的是不能吃的，这类食物会让病情加重。
肛瘘通常需要手术，因为如果不治疗很少会自行愈合。常见的手术方法包括：瘘管切开术包括切开瘘管的整个长度，使其愈合成扁平瘢痕。挂线术：将一条外科线放置在瘘管中并放置数周以帮助它愈合，然后再进行进一步的治疗。其他技术-包括用特殊的胶水填充瘘管，用特殊的材料封堵等，手术后通常需要住院治疗一到两周的时间。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
