一般情况下，宝宝消化不良会腹泻的原因有食物不当、感染等。
1.食物不当：宝宝消化不良时，肠道中不消化的食物增多，从而使肠道内水份增加，而且食物一般会释放一些酸性物质，刺激肠蠕动，从而引起腹泻。
2.感染：当宝宝消化不良的时候，容易出现继发肠道细菌感染、病毒感染等情况，从而出现宝宝消化不良会腹泻的的情况。
两岁宝宝消化不良拉肚子首先要调整好生活习惯，不要食用寒凉的食物，例如：牛油果，香蕉，奇异果，火龙果等，不要食用冰激凌，冷饮等生冷的食物，以免引起肠胃不适。平时要吃的东西要清淡易消化，不能吃太多的食物，容易导致孩子的肠胃出现问题。另外还可以通过服用一些促进消化的药物和益生菌来调整肠道菌群，比如胃酶合剂、酵母片等，布拉氏酵母菌、三联活菌等都是比较常见的。
婴幼儿出现消化不良、腹泻的情况，可以适当的调节饮食，尽量不要吃油腻、生冷的食物，可以吃一些像菜粥，面条，米粉，炒面等。可以选择去乳糖的奶粉，也可以选择水解蛋白的。母乳喂养的妈妈要吃清淡的食物，避免油腻、生冷、辛辣的食物，还可以通过服用妈咪爱等益生菌来改善消化不良、腹胀等。还可以服用补液盐，预防脱水，补充体内流失的电解质，同时也能起到止泻的效果。
一般来说，小孩因为肠胃的原因，经常进食会导致肠胃不适。宝宝的肠胃会堆积一些消化不良的食品，如果继续腐败、酵解会导致宝宝出现腹部疼痛、腹胀、腹泻等症状。小儿消化不良导致的拉肚子可以通过按摩来改善。按摩的方法有如下。首先要做的就是给宝宝的肚子按一下，这样可以让宝宝的肠胃更好的蠕动，让肠胃里的东西排泄出来，这样可以缓解肠胃不适。其次，按摩小儿背部的足太阳膀胱经，也可以起到消食和祛积的效果。
此外，应该保证宝宝清淡饮食，有助于改善宝宝的不适症状。
孩子消化不好容易引起拉肚子，进而引起厌食恶心反胃不适的问题，需要注意多到室外活动多晒太阳，另外如果有贫血或者是其他微量元素的缺乏，应该积极补充治疗既可以了。抑制肠道内的有害细菌，使肠道的菌群恢复正常的平衡状态，从而缓解孩子消化不良的症状。
宝宝消化不良引起的拉肚子，建议在医生指导下通过服用药物，并配合饮食调理共同改善。
宝宝有消化不良拉肚子的情况，家长通常会认为是宝宝的肠道功能出现了问题，于是便开始走向调理菌群平衡的道路。虽然肠道菌群失衡也是导致消化不良的一个诱因，但造成这一症状反复经常发生的根源其实在脾。脾是人体营养吸收运化的重要器官，如果脾虚，则营养运不出去，食物进不来，孩子就容易出现消化不良、表现为不爱吃饭、大便糖稀等问题。因此在用药方面，家长需选用一些能够帮助宝宝健脾的药物，例如薏芽健脾凝胶，该药是由七种药食同源的成分组方制成的中成药，其药效温平，具有健脾益胃，化湿消滞的功效，果泥口感，宝宝的接受度高，可较为显著的改善因消化不良所致的拉肚子等症状。
