早晨起床口臭大部分的原因是厌氧菌感染，入睡后不咀嚼，唾液分泌量小，口腔环境封闭而稳定，利于厌氧菌和其它细菌生长繁殖。也有少部分人，睡前没有刷牙，口腔里的食物残渣在细菌的作用下，会大量的发酵产生发酵的味道。
口臭它是属于口腔黏膜方面的一种疾病，比如口腔的环境比较差，或者是肠胃出现消化不良的时候，都有可能在早上的时候出现口臭的现象，而且口腔方面的疾病也有可能会导致这种问题，先到口腔科去做一下检查，看一下有没有牙齿方面的疾病，然后对症治疗。
宝宝早上起床口臭可能是不注意口腔卫生引起的，一定要及时纠正，帮助宝宝养成良好的卫生习惯，早晨和晚上要刷牙，饭后要漱口，保持口腔的卫生。但是如果刷牙漱口之后仍然存在口臭，需要看一下是不是口腔里面存在牙结石，或者是有比较多的龋坏以及烂根，这些疾病都会使口腔内细菌增加，出现口臭的症状。如果是这样的话，就要去医院进行洗牙治疗，龋坏进行充填，烂根拔掉，之后口臭才会消失。
口臭有异味往往多是由于口腔或消化道感染厌氧菌或兼性厌氧菌所致，可以服治疗厌氧菌或兼性厌氧菌的药物；幽门螺杆菌感染所引起的口臭有异味，可以服用治疗幽门螺杆菌的药物。第一点，要十分注意口腔卫生，保持干净，每天晨起、睡前和饭后认真地刷牙漱口，必要时，用牙刷或洁净的毛巾轻柔地刷除舌苔。在治疗上，第一点要积极治疗原发病。对于口腔、消化系统、呼吸系统等可引起口臭有异味的疾病，要积极进行相应的治疗。
两岁多宝宝早上起床有口臭可能是有消化不良，腹胀，腹泻和便秘，脾虚胃弱，对水谷精微运化失调。平时小孩爱吃甜食，没有养成良好的漱口习惯。既破坏了脾胃的运化功能，又给牙齿带来了危害。另外孩子爱含着奶瓶睡觉和口里存有其他的食物则都会使口腔炎症增加。