一般情况下，宝宝疱疹性咽炎大多是由病毒感染导致的，主要是对症治疗，注意护理，有发烧可以先用温水或酒精擦浴作物理降温，超过38.5度时可以按说明服用美林降温药物，头部贴降温贴等防止高热惊厥。
在治疗方面主要就是对症的使用抗病毒的药物，比如临床上常用的阿昔洛伟。治疗期间家长要注意给宝宝保暖，适量喝温热水，促进新陈代谢，有利于促进宝宝身体恢复。
疱疹性咽峡炎是因为宝宝感染了肠道病毒而引发的症状，与儿童手足口病是同种类病毒，一般伴有发热症状。有的孩子可能几天就会痊愈，但有的孩子可能会接着出现手足口病。虽然是病毒感染的自限性疾病，但是因为发病孩子多年龄幼小、抵抗力低，所以有些重症患儿的病情往往进展迅速，不容小觑。建议家长带孩子到儿科就诊，查血常规、肠道病毒检测等检查，再对症抗病毒治疗。平时要注意勤洗手，多漱口。
医院完善相关检查，多吃新鲜水果蔬菜，不要吃辛辣刺激性的食物，尤其是鱼虾羊肉一类的。也有疱疹性咽峡炎，多由于感染了病毒，引起典型的症状，表现为咽喉红肿，溃烂，食欲不振，伴有发热反复不退的现象。
小儿疱疹性咽炎是由科萨奇病毒引起的，夏季和秋季发病率最高。以口服清热解毒的中药配合抗病毒药物为主。大多数的孩子7天左右就会好。治疗期间要让孩子多喝水，不吃带有刺激性的食物。
疱疹性咽炎吃以下药物，具体分析如下：
疱疹性咽炎一般与病毒感染有关，根据中医辨证，主要是因为上焦有火，喉咙肿痛、口舌生疮等是上焦的火毒，可以服用咽炎片、黄连上清丸等药物，还可以口服银黄含化片、金银花含片等药物。此外，对于疱疹性咽炎，可以采用针刺人迎、大椎、合谷、后溪等穴位，也可以用金银花、金银花、麦冬、金莲花等中药来代替。
儿童疱疹性咽炎，是由柯萨奇病毒a型感染所致的一种上呼吸道感染。儿童疱疹性咽炎发病急，症状主要有反复发烧、咽痛、流涎、食欲减退、烦躁、精神不佳等症状，还会出现颌下、颈部、耳后等局部淋巴结肿大、疼痛。
上颚会出现一团或一团的小疱疹，约2毫米，周围有红色斑点，1-2天后会破裂，形成一个小型的溃疡。儿童患有疱疹性咽炎时要注意多休息、多通风、多饮水、少吃东西、保持口腔清洁。