采取非手术措施控制急性炎症期。症状缓解后，可选择手术。内窥镜手术创伤小，疼痛小，适用于下胆总管结石数量少，直径小。如果持续半小时，腹部用胀痛感，可以考虑为胆囊结石引起的，可以进行彩超检查，有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物调理的，也可以采取中药调理。在治疗期间，不可以吃刺激性、油腻的食物的慑入。
胰腺结石的治疗方法是去除结石，缓解梗阻，防止胰腺进一步破坏，防止恶变，缓解疼痛。内镜取石术，部分胰腺切除术，胰管囊结石，胰腺实质切除术和结石切除术。治疗方法是手术，但术前考虑的是胰管结石，有时在手术过程中未发现，因为这种结石可能是胰腺钙化而不是真正的胰管结石。
肾结石患者通常会有血尿，因为结石在肾脏中的活动会对肾脏粘膜造成损害，造成一些细小的血管破裂出血，就会出现血尿，通常情况下，这种血尿并不是特别的治疗方法，而是要让患者多休息，多喝水，多排尿。当然，要想完全治愈，必须要积极的治疗肾结石，只有把肾结石完全排出，这样的血尿才能完全消除，如果是较大的肾结石，就必须做手术。
附睾结石及时手术，如发现慢性炎症刺激，可能是炎症、疼痛、睾丸肿胀等，如果结石没有明显症状，可以暂时保守治疗，定期复查。如果保守治疗是使用消炎镇痛药，对症治疗可以缓解症状。附睾结石也称为精囊结石。生病期间不要吃刺激性辛辣的食物。不要抽烟喝酒，养成良好的工作和休息习惯。
如果孕妇肾结石的病情是轻度的，可以多饮水，减少散步的次数，增加身体的代谢速度，从而加快体内的代谢，从而加快排泄。
如果怀孕期间出现了肾结石，建议到医院进行B超的诊断。如果石头不超过2公分，建议多饮水，每天适量的锻炼，避免草酸类的摄入量。在生产完成以后采用震波进行体外碎石。如果结石比较大，可以在生产后进行外科摘除。
