腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
膝盖窝囊肿即腘窝囊肿，是指腘窝部位有较软包块。若包块较小且无症状，可暂时不做处理。但若包块增大后，可采用中医治疗，如内服化痰除湿药物，通过服药可使囊肿缩小乃至消失。同时，还可将化痰、祛湿。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
要确定右腘囊肿的发生，首先应考虑囊肿的大小。如果囊肿很小，对正常运动没有影响，通常进行保守治疗。然而，如果囊肿相对较大，将严重影响膝关节的运动，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
