膝半月板囊肿的病因目前尚未完全明确，其病因与退行性变性、畸形、外伤等因素有关。
1.退行性变性：膝关节半月板囊肿与肌腱囊肿是由退行性病变所致。原发病原因是由于结缔组织发生变化，而显微镜下则是由纤维状变性引起的，而纤维状的结缔组织已经被分解。
2.畸形：多数发生在半月板的边沿。较小的囊肿仅2毫米，被纤维包裹。内侧膝关节半月板囊肿是一种罕见的疾病，其原因是由于内侧副韧带与内侧半月板之间存在着密切的联系，没有可能存在的腔隙，而且内部半月板的可动性较低，很少受到损伤。侧半月板存在大量的空洞，并不存在粘连。囊肿多发生在半月板的外周处，通常会扩张并伴有凝胶状的东西，在外伤后会出现暗棕色的脓包，随后会慢慢的发展成为一个囊腔。
3.外伤：外伤导致的半月板囊变性，与纵裂症类似，由于活动导致的局部流血和囊变性。部分患者在受伤后6~12月出现了囊性改变。损伤部位多在外侧半月板中1/3处，而外侧半月板的边沿比内半月板的边沿要粗，容易造成损伤。
半月板囊肿如果没有任何症状，可以暂时的不需要进行特殊治疗。如果存在关节活动受限或不适感，可以进行手术治疗的，治疗可以在关节镜下的手术切除治疗。
一般情况下，膝半月板囊肿的治疗方法有保守治疗、药物治疗等，具体内容如下：
1.保守治疗：膝半月板囊肿通常需长期间歇性治疗，采取保守治疗的方法一般是局部可应用夹板支具进行固定，以便减轻患肢压力。
2.药物治疗：膝半月板囊肿的采取药物治疗，一般是局部出现疼痛、肿胀等症状后，遵医嘱使用布洛芬、阿司匹林、甘露醇等药物进行缓解。
半月板囊肿如果没有任何症状的话，可以暂时地不需要进行特殊治疗。如果存在关节活动受限或不适感的话，可以进行手术治疗的。治疗可以在关节镜下的手术切除治疗。膝关节镜的手术目前已经非常成熟，创伤也是比较小的，病人恢复起来比较快。所以对于半月板囊肿需要治疗的话，应该首选膝关节镜的手术治疗。
如果半月板囊肿出现，这有点严重，因为它会影响膝关节在这个位置的屈曲和伸展活动，还可能引起肿胀和疼痛。通常，如果囊肿相对较轻，应尽快封闭治疗，可注专业药物治疗。如果病情严重，只能通过手术治疗。