肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘术后伤口痒正常，引起瘙痒的原因是伤口正常愈合有分泌物等引起，要判断是否是正常现象，首先得看创面的情况，如果创面新鲜，引流通畅，没有感染或者假性愈合等情况的存在，那多数正常。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘的术后一般需要住院10-15天左右，在住院期间大夫会给输预防感染、止疼、止血的药物，每天会清洗伤口、换药，一般术后15天左右没有明显的疼痛，这时候基本上就不影响正常的生活。根据创面的大小一般在40-45天左右的时间切口可以愈合，这时候肛瘘就可以完全治愈。
肛瘘手术的话，要尽快愈合可以配合中药。平时的话一定要注意清洁预防便秘的情况，然后定期复查，尽量不要吃辛辣刺激的食物。适量活动，休息为宜，清淡饮食，做好血常规和局部的消炎抗菌治疗，注意伤口的清洁卫生。
术后一周到两周能够恢复，而复杂性的肛瘘，蹄铁型的肛瘘，高位肛瘘的病人需要分次手术或者是选择挂线疗法，手术以后每两天到三天收紧挂线一次，恢复的时间就比较长，大概两周到三周。
