核黄疸的后遗症通常在2个月后会有锥体外系的表现，40多天后会有头后仰、非对称性颈反射、四肢肌张力高、神经功能障碍等表现。
临床上，儿童在出生3个月左右是最好的治疗时机，经过处理，大部分儿童可以回到原来的水平。
在日常也要注意多晒太阳，也可以采取红蓝光照射，帮助黄疸消退。日常也要尽量清淡饮食，少食黄色素多，或辛辣刺激性的食物，避免影响病情。
肺结核有可能会存在后遗症。一般情况下，只要有足够的免疫力，有规律的联合抗结核药物，就不会有太大的副作用。一般情况下，只会有钙化的病变，一般不会有什么不适。如果是重度肺结核，或肺脏病变较大，在进行了正规的抗结核药物治疗后，仍有可能出现肺功能下降、胸膜肥厚、结核性支气管扩张、肺不张等后遗症，还会出现气短、咳嗽、咳痰等症状。
儿童核黄疸在临床上更为常见，其损伤程度比缺氧早产引起的脑瘫症状更为严重。最为严重的表现为颈部非对称张力反射。如果在治疗过程中不能纠正不良姿势，会导致非自愿运动性脑瘫，从而增加家庭和社会负担。核黄疸的后遗症通常以听力障碍、视力障碍和智力障碍为特征。
在出生以后2个月或者是更晚的时候发现。后遗症的主要表现就是手足徐动，比如经常不自主的，没有目的的不协调动作，再就是眼球运动障碍，主要是眼球向上运动障碍形成比较明显的落日眼，听觉障碍。
如果情况比较严重，就会有以下的副作用。
1、长期的压迫或压力过大，会导致神经损伤，如麻木、腿脚无力。
2、急性压迫会导致排尿困难，需要外科手术。如果马尾神经受损，应立即进行外科手术，不然会出现肛区麻痹或排泄困难。突出症的一种，就是腰椎间盘髓核脱出。但并不是所有的患者都会留下明显的后遗症，只要不是太严重、时间不长，或者仅仅是麻木、疼痛，在得到有效的治疗之后，无论是保守治疗，还是外科手术，都不会留下任何的后遗症。
