菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
一般情况下，益生菌婴儿吃了对的肠道有一定的保护作用。
益生菌主要是调理肠道菌群平衡的，婴儿适当的服用可以改善脾胃功能，促进消化和吸收，抑制肠道内部有害细菌的生长，所以益生菌婴儿吃了对的肠道有一定的保护作用。还可以在一定程度上增加婴儿体内的免疫调节能力，降低婴儿发生过敏反应的几率，对婴儿的好处是比较多的。
益生菌吃了不会有副作用，吃益生菌主要是有调理胃肠道的作用，根据医生考虑，没有关系，严重，应该及时地去医院的消化内科就诊，近期少吃一些生冷的食物。要注意平时的饮食清淡。
通常情况下，吃了益生菌拉肚子可能是胃肠功能紊乱、肠道菌群失调等情况导致的。
益生菌可以调节肠道菌群，如果肠道功能紊乱或者肠道菌群失调，则说明肠道中含有大量的有害菌，益生菌等有益菌进入肠道后，会与有害菌进行抗争，导致腹泻，通常一两天后，菌群就会恢复正常，这是益生菌的调节作用。另一种是消亡反应，人体突然进入某种细菌后，会产生一些副作用，通常一到两天会逐渐消失。
吃了益生菌便秘可能是以下原因引起的。
由于肠道菌群紊乱导致的消化不良、腹泻、便秘等症状，益生菌具有调整肠道菌群的功效。吃了益生菌出现严重的便秘症状，主要是因为个人的身体素质和肠胃的问题，比如大便干结、排便不顺畅、腹胀、腹痛等，可以通过腹部的热敷，推拿等方式来治疗。平时要多做运动，避免抽烟、饮酒，多饮水。
