长有疣体的患者，可遵医嘱选用维A酸类，抗病毒类等药物治疗。
1、维A酸类：常用有维A酸乳膏等、他扎罗汀的乳膏，主要通过调控角质细胞的分化、抗增殖并起作用。
2、抗病毒类：含重组人干扰素α2b软膏等、盐酸左旋咪唑搽剂、鬼臼毒素酊等，主要通过对病毒复制的抑制作用来实现。
脚上疣体通常建议使用咪喹莫特乳膏、酞丁安乳膏、维A酸乳膏等。
脚上疣体一般是跖疣，由于皮肤破损、摩擦、足部多汗等因素，导致人乳头状瘤病毒从破损处侵入，感染足底皮肤表皮细胞，使其异常分化和增生，形成皮肤良性增生物。建议出现不适症状后及时就医，在医生指导下用药。
尖锐湿疣一般可以用0.5%鬼臼毒素（足叶草毒素）酊、0.15%鬼臼毒素乳膏、5%咪喹莫特乳膏、5%氟尿嘧啶乳膏、80%~90%三氯醋酸、二氯醋酸溶液等药物进行治疗。
除此之外，还可以用激光、冷冻、电灼、微波、光动力等物理治疗的患者来帮助去掉。
患者及家人可自行操作。包括外用0.5%鬼臼毒素酊（或0.15%鬼臼毒素乳膏）、5%咪喹莫特乳膏、5%氟尿嘧啶乳膏及中药等。
选择外用药物进行治疗时，应注意局部不良反应。副作用可有瘙痒、灼痛、红斑、糜烂等。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未确立，故妊娠妇女忌用。
肺炎衣原体感染引起的肺感染，与支原体卡他莫拉菌、嗜血杆菌、军团菌感染的处理方式一致。
红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等是临床上常用的大环内酯类药物，根据肺炎衣原体感染的轻重，可以通过口服和静脉给药。
肺炎衣原体感染一般不会出现严重的全身炎症反应，主要表现为高热、白细胞增多、C反应蛋白升高。
