怀孕初期检查有囊肿可通过以下方式进行处理：
妊娠早期发现有囊肿可能是妊娠期间伴有的附件囊肿。妊娠伴有附件囊肿通常是一种良性的疾病，其病因包括内分泌功能失调、遗传、环境等。如果囊肿体积小，没有任何的临床表现，基本不会对怀孕产生什么不良的影响。如果妊娠时有严重的附件囊肿，伴随着孕周的延长而发生腹部疼痛，甚至会对怀孕造成一定的阻碍。如果囊肿的大小或者妊娠时的症状比较严重，可以在妊娠三个多月后进行适当的处理。对于高度怀疑恶性肿瘤的患者，应该尽早进行手术治疗。
怀孕初期检查有囊肿，一般指的是怀孕同时合并附件囊肿。妊娠合并附件囊肿绝大多数都是良性病变，发病原因与内分泌功能紊乱以及遗传因素和环境因素等多种原因有关。囊肿体积较小时一般没有明显的临床症状，也不会对妊娠过程造成大的影响，一般无需进行特殊处理，注意定期复查。如果囊肿体积比较大，或者是妊娠期症状比较明显，可以在怀孕满三个月后选择合适的时机进行治疗。
这轻的人可以进行随诊处理，重的人可以做物理破坏，微波，冷冻或激光。宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种亚型，患病比较多。主要看是否合并有细胞异常，癌前病变或癌症。如果平时伴发阴道分泌物较多，可以配合阴道内上药治疗。
一般情况下，如果到了妇科检查的时候就提示卵巢囊肿的存在，这就需要在第2个月的时候复查。
如果囊肿较小，一般不会影响月经，而且也没有不适的感觉，这样的情况是没有必要进行特殊的处理的，只需严密的观察和及时的复查就可以了。但囊肿较大，并引起月经异常的，如月经量较少、月经稀发，此种情况需及时手术摘除囊肿，并在必要的时候建议送检病理，以防止恶性病变的出现。
症状不是很严重，可以使用口服药物治疗，出现了囊肿，并且出现了反复发作，可以使用手术进行治疗。需要防止出现症状加重，导致出现腹部疼痛或者是出现发热的情况，需要配合使用调整肠道菌群的药物治疗。
怀孕检查有囊肿，如果囊肿比较小，可以先观察一段时间等孩子生下来以后再处理，在怀孕期间有卵巢囊肿就是一个良性的病变，如果没有压迫或者是其他的症状，应该对身体没有多大的影响。