不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。
扁平疣是由人类乳头瘤病毒引起的，大部分都是骤然出现，通常为针头至米粒大或稍大的扁平丘疹，呈圆形或不规则形，略高于皮肤表面，也可显著地凸起而形成圆顶状.表面光滑，境界清楚，触之较硬，为浅褐或灰白，淡黄或正常皮色.大部分散存在或密集成群。
扁平疣是一种常见的疣病，可以用针灸的方式来进行治疗，比如针灸阿是穴、曲池、合谷等。
临床上治疗疣病以疏风化湿、排毒消肿为主。可以选择阿是穴、曲池、合谷等穴位来进行调理。刺疣疮主要应用于局部的阿是穴和出血，具有解毒散瘀的作用；曲池、合谷具有疏风散热的作用。针灸以上穴位，通常可以有效治疗扁平疣。
在日常生活中，患者应注意个人卫生，勤换衣物，保持清洁，防止细菌感染。
常见的扁平疣治疗方法有外用药物治疗，物理治疗，对于其治疗，我们也是要很小心的，以免蔓延到皮肤的其他部位。扁平疣的治疗方法有很多，选择最适合自己的治疗方法。
孕妇怀孕时患有扁平疣，是不会遗传给孩子的，扁平疣是临床皮肤科常见的一种疾病，主要是由于身体抵抗力低感染了病毒发病的，主要通过接触传播传染，没有必要因为这个担心。可以采取激光，冷冻或手术等方法治疗，对胎儿是没有影响的。
