核磁共振检查是脊柱系统疾病的一种非常常见的辅助检查方式，由于对软组织以及骨骼系统均有良好的成像效果，所以，主要用于检查脊柱脊髓神经以及周围软组织的病变。磁共振对于脊柱系统疾病的检查范围非常广泛，胸椎磁共振检查主要用于胸椎结核，胸椎的骨折脱位，胸椎段脊髓神经的病变以及损伤，胸椎及胸椎周围的良恶性肿瘤、转移瘤以及胸椎周围软组织、韧带的急慢性损伤等。
所有的矮小症都需要做核磁共振检查，垂体是分泌生长激素的地方，如果垂体发育不良或者外伤会导致生长激素分泌减少，而矮小症需要排除垂体的微腺瘤才能治疗。
除此之外，还需进行激素分泌检查，通常需要明确出现该病症的病因，并对症进行治疗。平时，家长需要注意保持宝宝营养摄入均衡，可适当运动，促进身体吸收，可以改善病症。
发生滑膜炎是，有些需要做有关磁共振检查，通常可依据患肢磁共振检查，对病人软骨受损害程度进行分析。
当病人发生滑膜炎时，应及时对其发病原因加以分析，例如，有些病人就是发生创伤而导致，发生半月板或前交叉韧带或后交叉韧带损伤，有时周围韧带受损，因而引起滑膜炎。根据病因分析，一般病人应做磁共振检查，以观察病人半月板损伤情况，交叉韧带损伤轻重，从而做到有的放矢。通常应跟随病人治疗病因，从而使病人滑膜炎终于可以得到治愈。
可信的，前列腺组织是属于软组织，通过核磁共振来检查能够比较清楚的分辨前列腺癌组织与正常组织之间的区别。在核磁共振结果中，一般需要明确癌组织是呈现低信号，与周围组织是有明显区别的。
有种植牙的病人可以做核磁共振检查，用于人工植入物的材料是纯钛，它是目前已知的生物相容性较好的金属，是非磁性的，不会在大磁场中磁化，因此植入物本身对磁共振检查没有影响。
