对于出现这种病情的病人。要根据病人的具体病情以及相关的检查结果来选择进行微创手术治疗，也可以选择进行手术治疗，如果囊肿比较小，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
