胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
胚胎停育的主要原因，有三个方面：精子质量差。卵子质量差。胚胎质量差，在母体内没有得到良好的生长环境。精子质量不好的原因，主要有精子畸形率较高，不成熟精子的比率较高，精子DNA碎片指数较高。卵子的质量较差，形成胚胎以后在母体内，由于母体情绪抑郁，烦躁，抽烟，喝酒。
造成胎停育的原因很多，90%以上和胚胎自身异常有关系，少数情况和黄体功能不足，高泌乳素血症，甲状腺功能异常，糖尿病有关，还有外界因素影响，长期接触放射线，有毒化学物质等，社会环境，噪声污染，环境污染等都会影响到胎儿的发育。
胎停育的原因很多，有免疫性因素、遗传性因素、感染性因素、内分泌性因素、解剖因素，药物影响，环境污染，接受电离辐射等，如果发生胎停育了，先查明病因，对症治疗后再次怀孕。胎停止发育是女性不孕症的常见因素。导致胚胎停止发育的原因比较多，有的是胚胎本身发育不好，自然死亡，有的是由于激素分泌不足难以支持胚胎发育而造成死亡，有的是宫腔畸型使胚胎无法生长，也有的是一些感染、免疫等方面的问题。
怀孕34个星期出现了停胎的情况，最大原因有：胎儿本身可能发育不正常；还有孕妇可能有高血压，贫血等疾病。可能是孕妇身体出现了疾病或者过度劳累，所以怀孕期间一定要多休息。另外，还可能因为胎盘脐带的原因导致宝宝缺氧窒息而胎停。
胚胎停育有遗传因素：为最主要的因素，与胚胎染色体异常有关。父母年龄：父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一。妇科因素：孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一，既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料、肥胖、甲状腺功能不全等也是危险因素，可导致胎儿停育的发生。
