如果是痔疮病囊肿的话，建议可以在内镜的支持下，先取一个病理，根据病理的结果，再决定下一步的治疗，也可以直接在内镜下面直接做手术治疗，手术完全切除囊肿。手术之后一定要注意饮食的健康，避免再次的出现肛周疾病。
治疗还是先保守治疗，如果不见效必须手术治疗。精索囊肿一般与过度性刺激睾丸及附睾的急慢性炎症、损伤等有关。如果积液较多，有阴囊下坠不适，排尿困难等需要手术治疗。如果没有不适症状，可以先保守治疗。
宫颈囊肿通常不需要进行特殊处理，但若宫颈囊肿或过大或囊肿数量过多，可以切开引流。也可局部用清热解毒类妇科洗剂冲洗宫颈，宫颈囊肿是子宫颈腺体发生的囊肿，大多数情况下是子宫颈的生理性改变，子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺口或深入腺管将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿，子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症使腺管口狭窄也可导致子宫颈腺囊肿形成。
脉络丛囊肿指孕龄在14-24周肚子的胎儿发育中，超声检查发现的侧脑室脉络丛散在的小囊肿，大多在妊娠26周以后自然消失。对于患者家宝宝的状况，建议尽早到正规医院进行羊膜腔穿刺羊水细胞培养检查，排除染色体不正常等遗传性疾病。
肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
