一般情况下，肠道埃希菌是泌尿系统中最常用的一种，如果是普通的结直肠癌埃希菌，可以使用3代头孢地尼、头孢克肟等抗炎药，5周后就可以得到缓解。但某些特定的结直肠癌菌，例如大肠杆菌产生ESBl的埃希菌，则必须选用更先进的抗菌剂。目前临床上最常见的有美罗培南、亚胺培南等，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
细菌感染通常使用的抗生素为头孢类或青霉素类，具体视病情严重程度而定，亦可用中药消炎治疗。
细菌感染是致病菌或条件致病菌进入血循环中进行生长繁殖，产生毒素和代谢产物引起感染。如果是重症患者，用中药副作用就比较小了。如果出现发烧、咳嗽等症状，可先服用退热药。注意，平时要多喝水。感冒后，要及时服用退热药和止咳剂等药物。注意休息、不熬夜，饮食宜清淡，不吃生、冷、辣、刺激的食品，帮助身体康复。
一般来说，如果是因为感染了大肠埃希氏菌引起的，一般需要按照药物过敏实验来选用最灵敏的抗生素。头孢噻肟、头孢曲松、头孢吡肟等3、4代头孢霉素，或亚胺培南，美罗培南，比阿培南，帕尼培南，厄他培南等药物敏感试验。在药物敏感性测试的基础上，根据药物敏感性测试的情况，决定使用最灵敏的抗菌药物。抗生素的疗程与感染的严重性和病人的基本病症有关。一般是2个星期，如果情况比较严重，可以延长治疗时间，一般用到患者的身体温度和体征消失后5-10天。
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处理颅内感染，通常可采用磺胺类或头孢类药物，更易透过血脑屏障，对颅内感染的治疗疗效通常较好，对于颅内感染者，建议首先对症治疗，以减轻当前明显的病症，待病情平稳后，对原发病给予彻底治疗。在用药之前应该做一些检查，比如血液培养和脑嵴液中细菌数量等，如果发现有大量的细菌存在的话就应该立即停止用药。这通常会更好，对药物的选用原则为需使用该抗菌药物，能透过血脑屏障到达脑脊液的原理，通常使用频率较高。
此外，颅内感染患者应该避免自行用药，以免出现不良症状。
