巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
通常来讲这两个是没有关系的，巧克力囊肿是一种卵巢疾病，是子宫内膜异位症的病变，因为这种病症形状像巧克力，由此得名。子宫腔内是子宫内膜受体内女性激素的影响，每个月发生一次脱落现象，所以形成月经。
本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
腔镜手术治疗巧克力囊肿大多数人都是可以的，腹腔镜检查手术治疗能比较彻底的治疗巧克力囊肿，手术的效果要巧克力囊肿穿刺效果要好很多，术后第二个月就可以开始备孕，生孩子具体的手术费用因为各地的消费不同，费用的问题当地医院的主治医生。
